2001年12月，瑞安市药品监督管理局组建成立，2005年3月，在原基础上组建瑞安市食品药品监督管理局（浙食药监人[2005]60号），为温州市食品药品监督管理局直属机构，主管本辖区药品监督管理工作，即负责对本辖区药品(包括中药材、中药饮片、中成药、化学原料药及其制剂、抗生素、生化药品、生物制品、诊断药品、放射性药品、麻醉药品、毒性药品、精神药品、药用辅料、医疗器械、卫生材料、医药包装材料等)的研究、生产、流通、使用进行行政监督和技术监督；增加食品、保健品、化妆品安全管理的综合监督、组织协调和依法组织开展对重大事故查处的职责。

瑞安市食品药品监督管理局设4个职能科室：综合办公室、食品安全协调监察科、药品医疗器械监管科、药品医疗器械稽查科。局机关行政编制17名，依照公务员制度管理的事业编制9名，目前局机关在岗人员25名。

截止2007年底，我市共有药品零售企业261家，药品批发企业2家，药品生产企业1家，连锁加盟34家；医疗器械经营企业52家，医疗器械生产企业6家；各类医疗机构743家。

建局几年来，我局曾多次获得“全省食品药品监督管理系统先进集体”、“全省食品药品监管系统纪检监察先进集体”、“浙江省食品安全综合监督工作先进集体”等荣誉称号。